CRISPR

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CRISPR

Notapor pochimax » 13/3/2016 11:51

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Re: CRISPR

Notapor aregidor » 14/3/2016 09:01

Una cosa tengo clara: los perdedores seguros de esta guerra de patentes seremos los ciudadanos.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 14/3/2016 13:08

Me ha llamado mucho la atención que es realmente barato. Me he tragado el vídeo al completo y este hombre dice que hacer un crispr de estos cuesta 60 € (lógicamente luego la edición será lo costoso)
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 14/3/2016 17:48

Lo cierto es que esto del crispr parece que va muy rápido, ya veremos en qué se queda. En el vídeo el investigador indicaba que era URGENTE el ponerse de acuerdo en los aspectos ético-legales, tal parece ser la facilidad y eficiencia de uso de este sistema, como base para la edición de genes.

Creo haber recordado en algún momento que quizá podría usarse como arma biológica de destrucción masiva. Desde luego, parece que hubiera cierta preocupación. De la wiki

Quizá puedan usarse los CRISPRs para construir sistemas de entrega de genes guiados por ARN que lleguen a alterar los genomas de poblaciones enteras


Aquí el artículo que enlaza la wiki, al respecto.

Emerging Technology: Concerning RNA-guided gene drives for the alteration of wild populations
http://elifesciences.org/content/3/e03401v3
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Re: CRISPR

Notapor aregidor » 15/3/2016 09:33

pochimax escribió:Creo haber recordado en algún momento que quizá podría usarse como arma biológica de destrucción masiva. Desde luego, parece que hubiera cierta preocupación.


Me parece una soberana tontería.

Primero aclaremos conceptos. Se necesitan dos cosas para hacer ingeniería genética:

1) Un vector, es decir, algo que lleve el ADN a cada célula del organismo. Puede ser por ejemplo un virus al que le has quitado su propio ADN y al que has metido el ADN de interés. Este virus puede infectar células pero no reproducirse. También pueden ser micropartículas (de oro, por ejemplo) recubiertas de ADN y que inyectas en las células disparándolas con una especie de pistola a gran velocidad. Cuando lo que quieres modificar es un embrión unicelular o de pocas células, la cosa es más fácil, simplemente introduces el ADN con una micropipeta.

2) Un instrumento que coja el ADN que has metido en la célula y lo incorpore a sus cromosomas. Esto es CRISPR/Cas9. Otro ejemplo son los llamados dedos de zinc. La ventaja de CRISPR/Cas9 es que es más fiable que otros métodos, aunque no es 100 % infalible (probablemente en el futuro haya métodos mejores) y muy de vez en cuando puede cometer errores y meter el ADN donde no corresponde (por ejemplo, en medio de un gen del huesped), lo que no es nada bueno para la célula.

Bien, aclarado esto, lo que determina que un gen foráneo se extienda por una población es el vector, no el instrumento de edición genética. Y, como he dicho, se usan virus sin material genético propio y, por tanto, incapaces de reproducirse. De hecho, uno de los mayores problemas de los virus (y otros vectores) para la ingeniería genética es que llegan a un porcentaje muy pequeño de las células del cuerpo. Se va mejorando este porcentaje pero muy poco a poco, aún es bastante penoso. La inmensa mayoría de la ingeniería genética que se hace hoy en día se hace con embriones, donde sólo tienes que modificar una o pocas células.

Resumiendo, es una tontería porque:

1) CRISPR/Cas9 no es un vector. Y, de todas formas, los vectores que usamos no se pueden reproducir y además llegan a pocas células.

2) Hace cientos de millones de años que hay virus y bacterias que se reproducen e inyectan ADN propio en los cromosomas de organismos multicelulares, como algunos virus humanos o la Agrobacterium tumefaciens. A veces este material genético se ha conservado en las siguientes generaciones y no ha ocurrido ninguna catástrofe ecológica.

3) Los transgenes, como cualquier otro gen, están sometidos a las fuerzas de la evolución. Por tanto, si el transgen no es útil para la planta/animal, simplemente desaparece en pocas generaciones.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 15/3/2016 14:42

Gracias por tu aporte. Me ayuda a entender un poco mejor cómo funciona esta técnica.

De todas formas era solo un aspecto colateral, me interesa realmente más si la técnica tiene futuro para la edición de genes y apartará al resto de sistemas, imponiéndose, o es un castillo en el aire.

Por cierto, ya para tema médico, ¿no es posible inyectar directamente crispr-cas y nos olvidamos del vector, del virus?

Edito, por ejemplo, si lo que se pretende es editar genéticamente células madre para luego poder hacerte auto-transplantes.
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Re: CRISPR

Notapor aregidor » 15/3/2016 15:28

La técnica está siendo una revolución porque es bastante mejor que las anteriores, pero todavía le falta mucho camino por recorrer (el porcentaje de fallos es demasiado alto para usarla en humanos adultos). No sé si en el futuro se usará una variación de esta técnica o una totalmente distinta.

Si lo inyectas en la sangre, ¿cómo entra en las células? Las células no se tragan cualquier cosa que ande por ahí. Además, el ADN (CRISPR es una cadena de ADN) se degrada bastante rápido en la sangre. Aún peor, los glóbulos blancos podrían reconocerlo como material foráneo y desencadenar un ataque en gran escala que desembocara en una septicemia.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 15/3/2016 17:40

tienes razón, gracias de nuevo.

Supongo que iré sacando tiempo para ir leyendo sobre el tema, de cuando en cuando, e iré colgando cositas por aquí.
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Re: CRISPR

Notapor Robert H » 19/3/2016 22:19

entonces ¿no se puede cambiar o alterar el ADN de un ser adulto tan fácilmente como pasa en las pelis?

Siempre pensé que estas historias tipo spiderman eran imposibles desde el punto de vista de la ciencia real.
El espacio, la última frontera... y la más interesante, porque la verdad está ahí fuera.
Si dejamos que inventen ellos, la gloria, el progreso y las riquezas del universo serán suyos, y nosotros siempre a remolque, de limpiabotas.
Y si la humanidad no termina de establecer colonias fuera de la Tierra, estamos en riesgo de desaparecer como especie.
¿Me he dejado algo?
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Re: CRISPR

Notapor aregidor » 19/3/2016 23:40

Robert H escribió:entonces ¿no se puede cambiar o alterar el ADN de un ser adulto tan fácilmente como pasa en las pelis?


A día de hoy, no se ha conseguido, ni fácilmente ni difícilmente, aunque se va avanzando.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 21/3/2016 13:04

Robert H escribió:entonces ¿no se puede cambiar o alterar el ADN de un ser adulto tan fácilmente como pasa en las pelis?

Siempre pensé que estas historias tipo spiderman eran imposibles desde el punto de vista de la ciencia real.

Actualmente, la terapia génica está enfocada principalmente a la transducción de tus propias células madre, para poder hacerte autotransplantes y que no te generen rechazo (aunque pueden surgir otros tipos de problemas). Hay muchos ensayos clínicos donde se ha probado esta técnica.

No sé si ya se ha probado directamente la terapia génica con transducción directa... Tendría que mirarlo. Desde luego en animales sí que se ha experimentado a transducir determinadas células objetivo, mediante transportadores basados en el VIH por ejemplo, con éxito.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 8/4/2016 16:43

Sigo dándole vueltas a este tema, quizá no tanto como pudiera.

La verdad es que parece que se está metiendo grandes cantidades de pasta en esta técnica, 280 millones de dólares solo en los últimos diez meses, lo que me da que pensar que efectivamente estamos ante la revolución definitiva que abrirá las puertas a la terapia génica.

http://synbiobeta.com/intellia-therapeutics-closes-70m-in-series-b-funding-to-develop-crisprcas9-therapies/

La técnica utiliza CRISPR/Cas9 como editor génico y como vectores pueden utilizarse tanto plásmidos (creo que es lo más habitual con esta técnica) y en principio también liponanopartículas (¿vesículas de ácidos grasos?)

Por supuesto tiene otras aplicaciones numerosas, como atacar directamente a los propios tumores mediente la ingeniería por CRISPR cas de las propias células inmunológicas (aquí dicen que en este tema han invertido mil millones en esta aplicación concreta).

Imagen

Lo de las nanopartículas lipídicas como vectores de terapia génica me ha producido un gran impacto. Me pregunto si son capaces de atravesar la barrera entre la sangre y el cerebro.

https://es.wikipedia.org/wiki/Barrera_hematoencef%C3%A1lica

SLNs can penetrate the blood–brain barrier (BBB) owing to adsorption of blood proteins

Wow, sí.

Solid Lipid Nanoparticles as Efficient Drug and Gene Delivery Systems: Recent Breakthroughs
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4517084/

Por último un interesante enlace sobre el crispr cas en Nature.

A Crisper Look at Genome Editing: RNA-guided Genome Modification
http://www.nature.com/mt/journal/v21/n4/full/mt201346a.html

a three-component system comprising (i) a guide RNA that hybridizes to the target DNA (the crRNA), (ii) a protein nuclease that cleaves the target DNA (bacterial Cas9, not to be confused with caspase 9), and (iii) a linker RNA that brings the nuclease to the guide RNA (the tracrRNA) was sufficient to mediate efficient genome editing in human cells.


Esta imagen del artículo muestra la rápida evolución de este tipo de cosas

Imagen

the near future is likely to be an exciting time as TALENs and CRISPR battle for the hearts and minds of researchers interested in the research and clinical applications of genome editing.

Un párrafo interesante, parece que utilizan plásmidos como vectores.

CRISPR components can be transfected into cells in the form of plasmids that include appropriate promoter elements for expression in the target cells (a mammalian protein expression promoter such as cytomegalovirus or elongation factor 1a to drive Cas9 expression and U6 to drive RNA expression), and the components can assemble in the transfected cells. Another finding is that the CRISPR system can efficiently modify the genome in a site-specific fashion both at endogenous loci and at reporter genes by either mutagenic nonhomologous end joining (NHEJ) or homologous recombination (HR) pathways.


Sin embargo, luego dice:
The CRISPR–Cas system is smaller and lacks repetitive elements, and therefore might be incorporated into AAV and retroviral or lentiviral delivery systems.
(Comparativamente hablando sobre la técnica TALENS)
Jó, qué lío, no hay quien se aclare!! #-o
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Re: CRISPR

Notapor aregidor » 8/4/2016 18:00

Interesante.

Intentaré aclarar algunas cosas:

Plásmido: pequeño trozo de ADN circular, propio de las bacterias. Se usaría ya dentro de la célula humana, no sirve para meter cosas en la célula. Los plásmidos son muy usados en ingeniería genética. Se usan prácticamente desde el principio. La primera planta transgénica se creó usando un plásmido. Como el complejo CRISPR/Cas9 es más bien pequeño, y por tanto lleva poca información, se está intentando combinarlo de alguna forma con plásmidos, que pueden ser mucho más grandes. Los plásmidos son una especie de minicromosomas bacterianos. Se replican cuando la bacteria se divide, como si fueran cromosomas, aunque son bastante más pequeños.

AAV: adeno-associated virus. Es la especie de virus más usada para hacer terapia génica en humanos (bueno, mayormente cultivos celulares humanos). CRISPR/Cas9 no cabe dentro de ese virus, así que sólo se ha usado con otras técnicas, hasta el año pasado, en que se probó a usar una variante de Cas9 más pequeña (obtenida de una especie de bacteria distinta de la habitual), que sí cabe junto con CRISPR. Tu última cita creo que se refiere a esa variante de Cas9.

El sistema TALENS no lo conozco mucho, aunque sí me suena.
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 11/4/2016 17:04

Una nueva vía de introducción de crispr cas, en la célula
DNA 'clews' used to shuttle CRISPR-Cas9 gene-editing tool into cells
https://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150828112737.htm

Creo que comenté la idea de usar nano partículas lipídicas. En este artículo hablan de autoensamblados de ADN que liberarían crispr cas directamente en la célula.

Parece que formarían un combinado junto con el ARN de crispr cas y la célula lo engulle de forma inmediata al ponerse en contacto con la pared celular. Pero al mismo tiempo se rompe el conglomerado, liberando al crispr que busca su camino hacia el núcleo celular. Más o menos así a groso modo.

Por lo que parece, utilizaron unos ratones con unos tumores “fluorescentes”. La labor de crispr era apagar la fluorescencia de las células tumorales y lo lograron con un éxito de un 30% de células que dejaron de brillar.

Por otro lado, parece que hasta ahora la propia maquinaria celular era la que se ponía a fabricar cas9 y con este método se mete directamente la proteína y la célula no fabrica nada.

Imagen

Self-Assembled DNA Nanoclews for the Efficient Delivery of CRISPR-Cas9 for Genome Editing
http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/anie.201506030/full
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Re: CRISPR

Notapor pochimax » 11/4/2016 21:01



:smt043
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